1、制造商的選擇。
選有實力的冷凍干燥機廠家，且有著多年的生產冷凍干燥機的經驗和技術特點優勢、支持非標定做、解決方案。
2、冷阱溫度。
冷阱是置于凍干腔和真空泵之間，用于捕集蒸汽的裝置。冷阱溫度越低，冷阱的捕獲能力越強，但冷阱溫度低，對制冷要求高，機器成本及運轉費用相對也高。
冷凍干燥機的冷阱溫度主要有-50℃、-80℃兩個檔次。冷阱溫度為-50℃的冷凍干燥機適用于水溶劑或者溶劑凝固點在-40℃以上的產品凍干，冷阱溫度對捕水能力的影響實驗表明冷阱溫度從-35℃下降到-50℃，捕水能力提升明顯，冷阱溫度低于-50℃，冷阱的捕水能力提升不明顯。因此，在沒有特殊需求的情況下，選用冷阱溫度-50℃即可。冷阱溫度為-80℃左右的冷凍干燥機適用于大部分產品如含有有機溶劑的產品凍干或者一些特殊產品的凍干。
3、凝冰量。
冷阱可以捕獲蒸汽的量，和實驗室每天實驗操作樣品中水或其它溶劑升華的總量有關。實驗室冷凍干燥機的冷阱凝冰量有3kg等規格合各種不同的實驗量要求。
4、限真空度
限真空度體現冷凍干燥機的泄漏情況及真空泵的抽氣效率。實驗操作的真空度應在一個合理的范圍之內，真空度太高，不利于傳熱，干燥速度反而下降。
5、控制顯示系統
實驗室系列的冷凍干燥機，主要應用于物料的凍干、小批量生產和凍干工藝條件試驗等。控制系統要具備實時顯示凍干過程參數，如冷阱溫度、真空度、階段時間和過程總時間等;設定、修改及有效地執行凍干工藝程序具備通訊接口，便于數據采集、保存。
6、凍干方式和功能。
根據具體的樣品，凍干的方式亦有不同選擇。常見的實驗室凍干實驗均采取的是Process B方式，即在凍干腔內凍干或者掛瓶凍干，如果是凍干腔凍干即需要選購凍干腔，需要做西林瓶凍干還要選擇壓蓋裝置;如果是掛瓶凍干，則要選擇多歧管，適用于圓底燒瓶，寬口濾瓶或安瓿瓶，但要注意是否需要選擇相應的適配器來結合使用;如果用戶試驗中涉及的樣品既有腔內凍干，也有外掛瓶凍干的則可以選擇帶外掛口的凍干腔。
不同的實驗、不同的樣品對冷凍干燥機的功能要求不同，一般而言，對于食品、中草藥、粉末材料等樣品凍干一般建議采用擱板型冷凍干燥機;而對于西林瓶操作則必須要選擇帶壓蓋裝置的冷凍干燥機;微生物菌種凍干保存建議采用掛瓶式并一定要選擇安瓿瓶適配器來凍干;如果要做凍干工藝曲線研究的則一定要選擇控制器可支持共晶點測試裝置和軟件等工作的機型。
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